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Mongodb 如何使用Memory和tuning的小技巧

Posted by Kakashi on 2015-07-21

開始翻以前在 evernote 的連結，發現這篇對於 mongodb 如何使用 memory 的介紹算是簡單易懂，這邊做個小筆記

MongoDB London 2013:Understanding MongoDB Storage for Performance and Data Safety by Christian Kvalheim, 10gen from MongoDB

mmap

Mongodb 的設計是利用mmap方式映射檔案文件到 memory 中，直接透過操作 memory 來存取資料，好處有下列幾點:

  1. 簡化設計，省略最複雜的 memory 和硬碟管理，讓 Mongodb 的開發變得容易許多。
  2. OS 可以對不同文件系統(ext3, ext4)的類型做 cache。
  3. 原生的 OS LRU cache 機制。
  4. Mongodb 重開後可以繼續使用 file cache 裡面的資料。

而缺點也很明顯:

  1. 因為檔案系統和 memory 是一對一映射，就如前篇所說的，檔案系統內的 fragment 會一同被複製到 memory 中, 造成 memory 的浪費。
  2. 太大的 Linux readahead 會對 memory 的使用造成影響。readahead 指的是一種 prefetching 技術，在檔案讀取中，因為 data 會有 spatial locality (空間局部性)，所以當我們讀取資料時，會一次讀一大段連續資料進來，類似一次讀 16k 或 32k 進入page cache，去減少硬碟速度過慢造成的影響，然後增加檔案的速度。
  3. LRU 的 cache 方式，不能夠去設定 Priority，像是 index 這類資料，也是會被 LRU 方式被 swap out。

Resident memory

通常我們會想知道 data 到底使用了多少 memory，而比較好的指標是 Resident memory，基於 Mongodb 是用 share memory 的機制， 查看每個 Mongodb 的 process 的 Resident memory 都會是一樣的。

Resident memory 的組合如下

Resident memory = process overhead + File system pages 被 access 的部分
process overhead = connection + heap

有些人去檢查後會覺得很奇怪，為什麼 Resident memory 相對於全部 memory 而言少那麼多，以為 Mongodb 沒有完整的使用 memory， 其實不用擔心，mongodb 會把資料都讀入 file cache ，這點可以用free -m來檢查，是否cached那欄吃了不少 memory ， 而 resident 裡面會顯示的空間，則是 mongodb 真正有 access 到的檔案，這部分的數據會被 memory fragment 和 readahead 影響, 如果發現 Resident memory 過低, 應該是要想辦法減少 memory fragment 或是調整 readahead 的大小， 讓讀進來的資料都是需要的, 減少發生 page fault 的機率。

Working set & page fault

常聽人說 Mongodb 需要大量的 memory， 最好是 memory 要能夠 fit working set，但大家常以為 working set 就代表全部資料的大小，這是個錯誤觀念。實際上 working set 指得是 mongodb 完成所有操作要取用的 data 和 index 大小。例如資料庫內不是每筆資料都常常被 access，舉 Blog 來說三年前的資料就不會那麼常被存取, 那 working set 裡面就不需要包含那麼古老的資料。

查看 working set 的指令db.runCommand( { serverStatus: 1, workingSet: 1 } )

在 mongodb 中， working set 的資料如果不在 memory 中，就會引發 page fault，這個時候就要去觀察 page fault 的大小， page fault 如果超過一定值(ex. 200以上)， 然後 latency 又受到影響， 你的系統可能就需要一些調整了，有可能是要加RAM，也有可能是資料沒有上到 index 而造成 Table scan， 而下一節我也有列出一些平常我會調整的部分。

Tunning

以下是我在AWS EC2平台上的一些調整方法

記憶體

  1. 設定swap（預設為60, 當系統使用到超過40% memory, 就會嘗試使用swap）

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    sysctl -w vm.swappiness=1   # from 60 -> 1

  2. Huge Page (especially THP) for mongodb: https://jira.mongodb.org/browse/DOCS-2131

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    echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled

File System

  1. File system flush issues (有興趣可以查看這篇) 
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    # vm.dirty_ratio = 80                  # from 40
    # vm.dirty_background_ratio = 5        # from 10
    # vm.dirty_expire_centisecs = 12000    # from 3000

  2. For Mongodb Disk Mounting

    modify /etc/fstab
    把journal和一般的data掛在不同的disk上面, 因為我是用SSD硬碟, 所以取消atime, 然後加上discard的指令, 讓SSD開始Trim的功能

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    /dev/xvdf /mongodb_data ext4 defaults,auto,discard,noatime,noexec 0 0
    /dev/xvdg /journal ext4 defaults,auto,discard,noatime,noexec 0 0
    /dev/xvdh /log ext4 defaults,auto,discard,noatime,noexec 0 0

  3. 設定 Readahead

    Readahead 根據資料不同, 需要有不同的調整, mongodb官網是建議在32k以下, 而最後不要低於16k, 因為Mongodb的index bucket的大小就是8k, 調整太低可能會失去一些好處。

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    sudo blockdev --setra 32 /dev/xvdf

  4. ulimit

    修改/etc/security/limits.conf

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    * soft nofile 64000
    * hard nofile 64000
    * soft nproc 32000
    * hard nproc 32000

  5. IO scheduler 因為是使用SSD based的硬碟, 採用Noop

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    echo noop | sudo tee /sys/block/xvdf/queue/scheduler
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